上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于 1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院（以下简称“九院”），2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，九院改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。
九院是一所以口腔、整复外科和骨科为特色的内、外、妇、儿各科齐全的三级甲等综合性教学医院。近年来，以“精修医术、诚炼医德、广纳贤才、齐铸九院”的医院精神，以“科教兴院、人才强院”的发展战略，在医、教、研、管理等方面取得了可喜成绩。已连续七届评为上海市文明单位，并获“全国城市医院文化建设先进集体”荣誉称号。
医院总建筑面积89818平方米。全院实际开放床位885张，口腔综合椅位225张。医务员工1860余人，其中副主任医师、副教授以上的人员312名。现拥有3位中国工程院院士：著名整复外科专家张涤生、口腔颌面外科专家邱蔚六、骨科专家戴尅戎，以及国家973项目首席科学家曹谊林教授和上海市领军人才、卫生部突出贡献中青年专家张志愿教授。
医院拥有口腔、整复外科、关节外科等3个上海市临床医学中心和上海市整形医疗美容和口腔临床医疗质量控制中心，口腔临床医学和整复外科学列为国家重点建设学科，口腔颌面外科、整复外科、组织工程、骨科、血管外科列入教育部“211工程”重点学科，口腔颌面外科、组织工程学为上海市重点学科（优势学科），口腔修复生物材料学为上海市重点学科（特色学科），骨科为市教委重点学科，口腔黏膜病学为上海市医学重点学科，眼科为上海交通大学医学院重点学科。
医院年门急诊病人1,259,063人次，年收治病人22,839人次，年施行住院手术15,467例，门诊手术42,466例。各学科临床水平不断提高，其中口腔颌面外科、整复外科和骨科在国内外诸多领域达国际领先水平。口腔颌面外科目前在国内同行中规模最大、床位数最多（138张）、学科专业最齐全：口腔颌面部恶性肿瘤5年生存率九院已达64.7%，颅颌面联合切除术治疗侵犯颅底的晚期口腔颌面部恶性肿瘤，九院国内外同行数量之最，且国内外同行种类最全（颅前、中、后凹），口腔颌面部瘤生存质量方面，口腔颌面部缺损立即整复应用不同游离组织瓣修复成功率达98.7%，达国际领先水平。学科目前是中国抗癌协会头颈肿瘤专业委员会主任委员、副主任委员、常务委员兼秘书单位，也是国际口腔颌面外科医师会（IAOMS）中国大陆唯一理事单位。整复外科国内最早创建，目前也是国内同行中外规模最大、床位数最多（130张）、学科专业最齐全：利用显微外科技术进行男性生殖器再造术，被命名为“程氏阴茎再造术”，成功率95%以上，达国际领先水平。颅颌面外科是国内唯一的“颅面外科中心”，采用分组血管移植法解决了患者全头皮撕脱后永久性脱发的世界难题。组织工程学成为国际上有重大影响的组织工程研究与应用基地（973首席科学家），国际上首先在裸鼠体内成功再生带血管蒂的骨骼组织，创造引起国际医学界震撼的“裸鼠背上长人耳”，研究成果处于世界领先地位。学科目前是中华整形外科学会副主任委员、国际整形外科学会委员、亚太颅面外科学会第三届学会主席、亚洲组织工程学会副主席和美国整形外科学会执行委员单位。骨科为国际首创形状记忆合金医学应用单位，也是国内最早开展骨科生物力学临床研究和国内首先计算机辅助定制型人工关节并用于临床的学科：在国际上首先设计出可对关节骨折进行持续加压固定的形状记忆加压骑缝钉，并应用于临床，达国际领先水平。我国骨科生物力学发展奠基人单位之一，在骨折机理和治疗研究、骨关节炎、骨移植、骨质疏松症的临床研究方面，国际先进水平。国内率先开展理工结合、发展骨关节人工假体。以计算机辅助定制型人关节为代表的内植物工程，达国际领先水平。骨髓间充质干细胞分离培养和定向诱导分化，将干细胞与基因治疗技术结合，成功构建BMP2基因修饰组织工程化骨修复节段性骨缺损，达国际先进水平。目前，是世界华裔骨科学会会长、亚洲太平洋人工关节学会会长、国际内固定学会（AO）理事兼中国分会会长、国际多学科生物材料研究会副会长、国际髋关节学会正式会员和唯一代表中国大陆的美国骨科学会通信会员单位，成为全国知名品牌。
近年来，九院成功实施了“裸鼠背上长人耳”、“国内首例胸骨裂畸形”小吴菁修复术、“中国第一毛孩”于震环外耳道整形术、“下颌骨骨化性纤维瘤”欧阳莉菁肿瘤切除植骨修复等重大手术等曾轰动全国。
九院是上海交通大学口腔医学院和九院临床医学院教学基地，拥有27个教研室，建立了国内一流的口腔仿真模头实训基地。设有博士研究生点12个，硕士研究生点18个，有博导42名，硕导65名。还设有上海市口腔医学研究所、上海市整复外科研究所、上海市组织工程研究中心和上海市生物材料研究测试中心，以及上海市组织工程重点实验室、上海市口腔医学重点实验室。获得长江计划特聘教授、国家杰出人才、卫生部突出贡献中青年专家、教育部新世纪杰出人才以及上海市启明星（后）计划等市级以上人才培养近100人次。2000年来医院承担科研项目300多项，其中包括第一、第二期国家“973”首席项目各1项、“863”项目子课题4项、国家自然科学基金重点课题2项、面上和青年项目62项，获国家级科技成果奖1项，部、市级以上的成果奖56项。科研经费约5400多万元，发表论文3000余篇，其中SCI收录论文65篇。2004年度Medline收录论文数量居全国医疗机构排名第1位。
医院坚持“以人为本”，从最广大职工利益出发。“十五”期间，医院先后完成了工人编制职工院内提前退岗休养、工人编制职工实行委托管理等后勤社会化改革重大举措；医院还积极推进劳动人事制度改革；医院重点加大对35岁以下优秀青年的培养力度和考核力度，全面启动九院第二轮“院优秀青年培养计划”；启动第二批院级重点学科建设项目，重点支持有发展潜力的临床学科。院党委书记荣获2002年度上海市“员工信赖的好领导”、2004年“全国城市医院文化建设先进个人”、2006年“全国医院文化建设先进工作者”荣誉称号；院长荣获2004年“全国优秀院长”称号。
“十五”期间，九院在市委、市政府的领导下，在上级主管部门和各级政府部门的领导下，在全国各兄弟医院的大力支持下，全院职工奋发图强，顺利完成医、教、研、管理等各项任务，特别在医院品牌建设、学科建设、人才建设方面优势凸现，九院为满足上海市多层次的医疗卫生服务需求作出了应有的贡献。
“十一五”期间，九院要将高举邓小平理论和“三个代表”重要思想伟大旗帜，全面贯彻落实科学发展观，认真学习贯彻党的十六届六中全会的决定和胡锦涛同志在中央政治局第三十五次集体学习时重要讲话精神，紧紧把握公立医院公益性办院宗旨，协调医、教、研、管理全面和谐发展。九院将立足上海，面向全国，走向世界，把医院建设成为以口腔、整复外科和骨科为特色、各科齐全，并拥有一批具有较强实力的体现上海、亚洲及国际先进水平的优势学科群，且能为人民群众提供优质医疗服务的三级甲等综合性教学医院。
在硬件上争取建设43000平方米的新门急诊医技综合大楼，在软件上要抓好医院管理，提高质量，改善服务；抓好重点学科分类建设；加强创新型人才和人才团队建设；内部医疗资源合理配置；加强医疗费用控制；加强人才队伍建设；深化医院人事、分配制度改革；加强医务人员职业道德教育；加强医务人员继续教育，提高临床技能水平；加强医院数字化建设和管理。
“十一五”期间九院将继续深化医院管理年活动，推进学科建设和人才培养，提高医疗服务质量和教学质量，促进医学科学研究，提高医院管理水平，加快医院基本建设，以人为本推进医德医风建设，围绕建设亚洲一流医疗中心城市的目标，切实把医院发展融入到关心群众、促进社会和谐的医疗卫生工作的大局中，为促进上海卫生事业协调发展作出新贡献！