上海交通大学医学院前身是上海第二医科大学。原上海第二医科大学由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院(1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成。1997年学校通过了“211工程”正式立项，是国家重点建设的“211工程”大学之一。2005年7月，上海交通大学与上海第二医科大学合并，新的上海交大医学院成立并由教育部、上海市政府继续重点共建。
在一百多年的办学历史和五十多年的建校历程中，医学院坚持发扬“海纳百川、博采众长”的优良传统，大力弘扬“博极医源、精勤不倦”的医学院精神。逐渐培养形成了富有自身特点的办学风格和特色，培养了一大批医学人才。医学院先后诞生了一批国内首创、具有国际先进水平的重大医疗科技成果，为医学事业发展做出了重要的贡献。一个多世纪的办学历程中，医学院已为上海和全国输送了30000余名医学人才。
学院拥有中国科学院院士1人，中国工程院院士10人，国家“973”项目首席科学家4人（6项），长江学者计划特聘教授6人；长江学者计划讲座教授1人；获国家劳动人事部授予有突出贡献中青年科技专家称号的10人；国家“杰出专业技术人才”2人，卫生部“有突出贡献中青年专家”5人，享受国务院颁发的政府特殊津贴246人。博士生导师305人，硕士生导师578人；200多人次在国际学术机构及国内一、二级学术团体内担任要职。
学院现有基础医学院、临床医学院、口腔医学院、儿科医学院、公共卫生学院、护理学院、卫生技术学院和检验系、营养系、生物医学工程系、药学系等18个二级学院（系），12所附属医院。有八年一贯制临床医学专业、八年制硕博连读临床医学专业、七年制本硕连读临床医学和口腔医学专业及临床、口腔、医学检验、护理、生物医学工程、公共事业管理、营养、市场营销、药学、预防医学10个本科专业。有博士后流动站4个，一级学科博士点5个，二级学科博士点51个，一级学科硕士点3个，二级学科硕士点45个。目前在校本科及以上学生6000余名，其中研究生占45%。
学院现有国家教育部重点学科6个，上海市重点学科12个（其中“重中之重”学科2个），上海市教委重点学科23个，上海市医学重点学科9个，上海市临床医学中心16个。有国家重点实验室和工程中心3个，教育部重点实验室和工程中心3个，卫生部重点实验室5个，上海市重点实验室13个，世界卫生组织（WHO）合作中心3个，上海市级研究所21个；10个学科列入“211工程”重点建设学科。
医学院学科优势明显，科研成果卓著，科研项目经费数始终在国内医学院校中处于领先地位。自“十五”以来，医学院获得各级各类纵向科研项目1892项，总经费51550万元，其中国家级科研项目经费25164万元，占总经费的48.8%。国家项目中包括国家重点基础研究项目（973）6项，国家自然科学基金重点项目11项，杰出青年基金5项，国家高技术研究发展项目（863）33项。“十五”以来，医学院共获得市（部）级科技成果奖211项，其中国家自然科学二等奖1项，国家科技进步奖4项。近几年我院被〈SCI〉收录的论文数逐年大幅度上升，〈SCI〉单篇论文引证数居全国前列，其中2006年被〈SCI〉收录的论文数达259篇。科研项目、科研经费及国家重大重点项目承担数在全国医学院校中处于领先地位。
学院同法国、美国、日本、比利时、澳大利亚、瑞典、香港等19个国家和地区的61所大学及科研机构开展了广泛的合作与交流；聘请了256位外国专家为名誉教授、顾问教授和客座教授；并与世界卫生组织、联合国人口基金会、香港华夏基金会、美国民间健康基金会有着广泛的合作。中法合作办学的临床医学七年制法文班，是中法两国政府的重点合作项目之一，学生在校以法语为第一外语，部分基础课程以法语授课，每年由法方派遣教授来院参与教学，经考核合格者被选送赴法国的医院，作为实习住院医师培训一年。
学院临床医学教育师资力量强，临床医学教学条件优裕。拥有瑞金、仁济、新华、九院、一院、六院和三院等7所综合性附属医院，上海儿童医学中心、儿童医院、胸科医院、精神卫生中心、国际和平妇幼保健院5所专科性附属医院，核定总床位数12000张，年住院病人30.6万人次，15个上海市临床医学中心，是全国附属医院、临床医学中心和床位数最多的医学院校。学院还与中国科学院上海生命科学院合作成立了健康研究中心，联合开展科学研究。
学院地处上海市中心繁华地区。原震旦大学的法式建筑镶嵌在园林式的绿色丛中。为适应教学发展，三百亩南汇校区正式启用，四百亩闵行的医学院新校区正在规划中。
“十一五”期间是我国全面建设小康社会和加快社会主义现代化建设的关键时期。在上海实现“两个率先”的大背景下，上海交通大学和上海第二医科大学实现强强联合，这既是实施“科教兴市”主战略、推进教育综合改革试验的具体体现，也是加快世界一流大学建设进程、促进医学教育事业跨越式发展的重要举措。
医学院制定“十一五”规划建设目标和发展战略的指导思想与原则：全面贯彻和落实科学发展观，以国家和上海市的发展需求为导向，坚持“以人为本”，转变发展观念，创新发展模式，提高发展质量，以冲击“两个一流”为目标，与学校“十一五”规划相呼应，在保持原二医大的特色与优势的基础上，注重体制与机制创新，为上海交通大学成为世界一流大学作出重要支撑和贡献。
医学院的发展战略：以体制、机制创新为先导，以国际化战略为手段，以人才、学科建设为核心，以“985”“211”工程为动力，以交叉、平台建设为抓手，围绕坚持科学发展观，构筑“人才带动学科，学科培养人才”的良性循环，实现医教研全面、协调、可持续发展。医学院的建设目标：根据上海交通大学以一流的理科为基础，以强大的工科、医科和管理学科为主干的总体发展思路，到2010年，医学院将在培养高素质和复合型的医学人才、造就以名师名医为主和结构优良的师资队伍、推进自主科技创新、提高医疗服务质量等方面取得重大进展，整体办学水平在国内领先，在国际上享有较高知名度，为创建亚洲一流并逐步成为世界一流医学院奠定坚实基础。到2020年左右，达到世界一流医学院校的主要目标和基本要求；到本世纪中叶，基本实现世界一流医学院的目标。